由Garvan医学研究所的研究人员开发，这种潜在的诊断方法可以筛选“融合基因”的癌症样本，估计与五分之一的癌症有关，并可能提供更准确的癌症重排DNA快照。该测试可以比现有方法更快地帮助癌症患者接受个性化治疗。
该团队于2019年3月27日在Nature Communications上发布了他们的方法。
我们的DNA为我们的细胞提供了运作的代码，这些代码的某些变化可以推动癌症的发展。其中一个变化是基因'融合'，当DNA断裂并以异常方式重新加入时，来自DNA不同部分的基因(通常是不同的染色体)会连接在一起。这些融合基因可以产生编码蛋白质的异常转录物，其有助于肿瘤形成，并且估计驱动所有人类癌症的五分之一。
开发更广泛的诊断
使用标准临床诊断方法(例如荧光原位杂交(FISH))常规筛选许多癌症类型，包括白血病和肉瘤，但是这些方法具有局限性。
“融合基因的标准FISH诊断已在临床上使用了大约30年，但每个测试只提供一个融合基因的答案，这不是完整的故事，”联合资深作者Jim Blackburn博士说，他领导DNA和Garvan研究所的RNA Methodologies Group。他补充说，目前的方法可能会错过不常见的融合基因，并且最初可能会要求进行错误的测试。例如，在肺部发现的转移性肉瘤 - 不了解原始肿瘤 - 可能会错误地筛查通常与肺癌相关的融合基因。
“我们在研究中采用的方法是消除有关癌症发现位置的信息 - 我们采取广泛的观点，只研究已知与所有癌症亚型融合的基因，”艾琳博士说。 Heyer，这项研究的第一作者。
为了开发他们的新方法，Garvan研究人员研究了对癌细胞的RNA进行测序 - 细胞用来制造蛋白质的DNA转录本 - 是否可以提供比FISH方法更准确的融合基因快照。该团队设计了两个广泛的小组作为工具，允许他们同时筛选所有已知融合基因的RNA - 一个用于血癌，一个用于实体肿瘤。
该团队使用临床癌症患者样本测试了他们的新方法，包括来自分子筛选和治疗(MoST)临床试验的样本，并发现他们的RNA分析不仅更准确地检测了先前用FISH分析鉴定的融合基因，而且确定了20 FISH分析遗漏的融合基因数量增加了一半。
“我们希望我们的两项诊断测试不仅可以节省时间和金钱，而且可以更好地检测不符合标准的癌症中的融合基因，”布莱克本博士说。
已经存在针对一些融合基因的靶向治疗。一个例子是larotrectinib，其降低由NTRK基因与其他基因配偶体融合编码的过度活跃酶的活性。但Garvan研究人员说，分配这种特定的治疗方法需要确定正确的融合基因。
该团队现在正在寻求资金，以临床认可他们的两项测试，将该方法从实验室技术推进到临床诊断。“这种方法不仅仅是一个研究项目，而是直接应用于癌症患者，”布莱克本博士说。“我们希望帮助更准确，更有效地诊断患者，以便他们能够更快地接受正确的治疗。”
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