1、苗种问题。
2、小龙虾的繁殖比较特殊，繁殖的大部分过程在洞穴中完成，有腹部抱仔子习性，本身的怀卵量较小，一般在至，一只亲虾也仅能育出数十只、最多只有一二百只子虾，限制了苗种的规模化生产；饲料问题。
3、对小龙虾的食性缺乏研究，没有饲料厂有专门螯虾料供应。
4、养殖中食物不足或营养失调，迅雷虾有自相残杀的习性，硬壳虾对软壳虾的侵袭相当厉害。
5、病害问题。
6、自然水域中小龙虾抗病能力较强，不易得病，进行高密度养殖后，各种环境因子错综复杂，有可能发病，导致小龙虾全军覆没。
7、掘穴问题。
8、小龙虾有很强的生存能力，喜欢穴居生活，对池塘埂的破坏相当严重。