丹麦南部大学，惠康桑格研究所和BGI的研究人员今天在基因组生物学杂志上发表了一项研究，比较了用于单细胞RNA测序(scRNA-seq)的文库制备和测序平台。
单细胞转录组学(即scRNA-seq)是下一代测序方法，其同时测量单个细胞中数千个基因的信使RNA浓度(由DNA /基因组/遗传蓝图编码)。这使研究人员能够获得高分辨率的细胞视图，以解开异质细胞群并更好地了解体内的个体细胞功能。尽管存在几种单细胞方案，但传统上使用Illumina技术和测序平台进行测序。
作者在此进行了传统Illumina平台与单细胞转录组学的替代BGISEQ-500短读序列平台的首次比较。作者使用两种不同的方案(SMARTer和Smart-seq2)通过scRNA-seq分析了468个单个细胞，产生了1297个单细胞文库，用于Illumina HiSeq和BGISEQ-500平台的测序。通过使用两种不同的细胞类型(人类永生化白血病细胞'K562'和小鼠胚胎干细胞'mESCs')和掺入合成RNA控制序列，作者对测序平台之间的性能进行了基准测试。该研究发现，BGISEQ-500在检测RNA分子的灵敏度，准确度和重现性方面与Illumina平台具有高度可比性
虽然测序试剂和人员成本受地域限制，但BGISEQ-500通常具有更高的数据吞吐量，但成本略低。“高通量和每通道成本略有增加的结合使得BGISEQ-500成为scRNA-seq项目的一个有吸引力的替代方案，需要大量的多路复用以及每个细胞相当大的读取深度”，BGI的联合主要作者缪苗苗博士说。纸。
“这是第一项将Illumina HiSeq与BGISeq-500测序平台进行单细胞RNA测序比较的研究，为研究人员提供了另一种测序选择。我们的研究发现，平台之间的比较指标表现非常相似。适用于大规模单细胞测序计划，生成所有人类细胞类型的参考图，并增强我们对人类健康的理解。“，
Kedar Natarajan博士是该论文的主要和共同作者。Natarajan博士领导他在SDU的生物化学和分子生物学系的单细胞小组。
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