加州大学洛杉矶分校的Jonsson综合癌症，Cedars-Sinai癌症和Dana-Farber癌症研究所的一组研究人员最近发现了34种基因，这些基因与发展卵巢癌早期阶段的风险增加有关。今天发表在“自然遗传学”杂志上的研究结果将有助于识别患卵巢癌风险最高的女性，并为确定可针对这些特定基因的新疗法铺平道路。
该研究由Cedars-Sinai生物信息学和功能基因组学中心主任Simon Gayther博士共同领导，Bogdan Pasaniuc博士，加州大学洛杉矶分校David Geffen医学院病理学和实验室医学副教授，Alexander Gusev ，博士，Dana-Farber医学肿瘤学助理教授和Cedars-Sinai妇产科助理教授Kate Lawrenson博士。
“如果你真的很早就发现了卵巢癌，那么生存率就会非常高，接近90%，”Pasaniuc说，他也是加州大学洛杉矶分校Jonsson综合癌症中心的成员。“但这种情况并不经常发生。大多数病例都是在后期发现的，生存率会急剧下降。这就是为什么我们要了解其背后的遗传因素 - 所以我们可以更好地预测谁有更高的风险发展这种癌症。“
该研究显示，当我们研究女性卵巢癌风险之间的关系时，正如其遗传蓝图所定义的那样，“它们的遗传学和特定基因之间存在着相互作用，这些基因驱动癌症发展的最早期阶段，”盖瑟尔说， Cedars-Sinai应用基因组学，计算和转化核心的联合主任。
目前的研究建立在先前对卵巢癌协会联盟十多年来收集的大规模遗传数据的研究基础之上。这些研究人员比较了约25,000名卵巢癌女性和45,000名未患该病的女性的遗传特征。研究人员发现基因组中有超过30个与卵巢癌相关的区域。
“这项工作的一个新颖之处在于，我们研究了通过选择性剪接而不仅仅是基因总丰度的遗传变异，这导致我们找到了我们原本无法识别的基因，包括一个经过实验验证的基因。除了更好的理解，如果这些风险机制真正通过拼接运作，那也开辟了新的药物目标机会，“古谢夫说。
为了确定基因，研究人员分析了患者数据，试图在DNA蓝图中找到解释患者疾病状态的遗传变异。
“这项研究还表明研究卵巢癌出现的特定细胞是多么重要，”Lawrenson说。“收集正常的卵巢和输卵管使我们能够在一大群女性中绘制这些特定细胞类型的分子指纹图谱。这使我们能够识别与正确组织类型中的癌症风险相关的特征。”通过大量数据梳理以确定哪些特定基因驱动卵巢癌发展的想法可能看起来很简单，但有数千种可能的基因靶标可能受到众多机制的影响，因此将这些碎片放在一起是一项巨大的计算和统计工作。 ，盖瑟说。
Pasaniuc说，研究人员面临的巨大挑战是处理基因组一个区域的基因数量。
“只要你从父母那里继承了一片DNA，你就不会继承基因组的每一个碱基对，就会继承大块的，”Pasanuic说。“这意味着，如果你在一个特定区域继承了一个基因突变，你就会继承整个区域，这个区域一次可以携带10到20个基因。这使得很难从特定区域确定特定基因。”
为了帮助识别这些特定区域的基因，该团队将来自卵巢癌协会联盟的大规模遗传数据与描述卵巢和其他组织中基因表达的不同数据类型进行了比较。通过将这两个信息放在一起，研究人员能够区分基因组中哪些基因实际上是风险基因。通过这种计算技术，该团队确定了34种与卵巢癌发病风险增加相关的基因。
“通过对这些基因的鉴定，我们现在有一个狭窄的基因列表，可以帮助我们更好地预测那些可能从未知道自己患上这种疾病的风险更高的女性的卵巢癌风险，”Pasaniuc说。“虽然我们还没有，但我们希望这项研究能够带来更好的结果，因为我们能够更早地监测女性，因为癌症更容易治疗。”
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