大阪 - 细菌属分枝杆菌具有令人怀疑的荣誉，包括负责两种最着名的慢性人类传染病：结核病和麻风病的物种。但与他们更为着名的堂兄弟不同，长期以来一直有效的治疗策略，近200种左右的分枝杆菌物种目前正在引起肺病的复发。
这些物种统称为非结核分枝杆菌(NTM)，广泛存在于土壤和水中。但是，如果有机会，NTM可以在易感患者中引起严重的皮肤和肺部感染。治疗NTM感染的最大障碍之一是难以区分细菌，特别是在亚种水平。然而，准确鉴定至关重要，因为不同的物种对不同的抗生素疗法表现出不同程度的反应。
为了解决缺乏准确和敏感的NTM鉴定方法，大阪大学和琉球大学的研究小组开发了基于细菌基因序列数据可靠鉴定NTM的软件。在本月发表的新兴微生物和感染论文中，研究人员解释了他们如何开发该软件及其对治疗NTM感染的意义。
“在目前的NTM鉴定方法中，最敏感和最准确的是基于基因组信息，”作者Shota Nakamura说。“然而，尽管公认需要高质量的基因组数据，允许NTM鉴定到亚种水平，但目前的数据库只包含148种物种的组装。因此，在这项研究中，我们对另外27种物种的基因组进行了测序，并重新测序了基因组。 36种。“
研究人员利用他们新获得的序列以及7,484个先前发表的基因组装配，开发了一个基于184个独立基因序列鉴定的175个NTM物种的综合数据库。称为多位点序列分型，可以通过184个基因内的序列差异的特定组合来区分每个物种。该数据库还包括其他分枝杆菌种类用于比较。
“一旦我们组装了数据库，我们开发了名为mlstverse的软件，它将未知序列与数据库进行比较，从而准确识别NTM，”该研究的主要作者Yuki Matsumoto解释道。“当我们将我们的方法与其他方法进行比较以鉴定29种临床NTM分离株时，mlstverse是确定所有29种亚种水平的分离株的唯一方法。”
可能的应用是有希望的 - 琉球医院大学的医学博士Takeshi Kinjo说，“这种方法可以用于从临床标本中识别NTM，允许实施靶向治疗并提高NTM的治愈率。相关感染。“
标签： 非结核分枝杆菌
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