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主要用于细胞内细胞因子和细胞表面黏附分子的检测，通过特异性的荧光抗体染色，能简单、快速地进行检测，精确判断不同细胞亚群的细胞因子和膜分子的表达情况。根据荧光抗体的性质，荧光抗体染色分直接法和间接法。直接法较为常用，其敏感性虽不及间接法，但特异性强。
可区分具有不同分泌特性的细胞亚群，如Th1、Th2细胞等。
检测细胞内细胞因子时，主要包括以下基本步骤：
1.分离和培养待检细胞。
2.细胞固定：常用的细胞固定剂为4%多聚甲醛。
3.封闭非特异性结合位点：即用含5%脱脂奶粉和钙、镁离子的PBS溶液，重悬已固定的细胞。
4.染色与分析：即用荧光素标记的细胞因子特异性单克隆抗体做荧光抗体染色，用流式细胞仪分析荧光阳性细胞百分比和荧光强度。此外，若应用不同荧光素标记两种以上细胞因子的单克隆抗体，则可同时检测同一细胞内2种以上不同的细胞因子。
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流式细胞技术
流式细胞术工作原理是在细胞分子水平上通过单克隆抗体对单个细胞或其他生物粒子进行多参数、快速的定量分析。它可以高速分析上万个细胞，并能同时从一个细胞中测得多个参数，具有速度快、精度高、准确性好的优点，是当代最先进的细胞定量分析技术之一。
光源、液流通路、信号检测传输和数据的分析系统是流式细胞仪的主要组成。目前临床中运用流式细胞仪进行外周血白细胞、骨髓细胞以及肿瘤细胞等的检测是临床检测的重要组成部分。
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