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(一)分选的基本原理
当细胞悬液形成液流柱流经流动室，由于振动形成液滴。被设定了分选参数的细胞的会被充电而带有电荷，未被设定分选参数的细胞及空白液滴不带电荷。带电荷的液滴在落入电极偏转板的高压静电场时，依所带电荷是正或是负而发生向右或向左偏转，落入指定的收集器中，完成细胞分选的目的。
1.分选速度：至少达5000个/秒左右。
2.分选纯度 与仪器的精密度直接相关，同时与被分选细胞与细胞悬液中其他细胞有无相互重叠的生物学特性密切相关。
3.分选收获率 是指设定通过测量点的分选细胞与实际收获的分选细胞之间的比率。收获率的高低与被分选细胞和不选细胞间的生物学特性是否重叠有关。当被要求分选的细胞纯度高，收获率相对低。
4.分选得率：是指从一群体细胞悬液中分辨出目的细胞的总量，再经分选后获得目的细胞的实际得率。该得率与分选的速度密切相关，当分选速度过高，会使部分目的细胞漏检，使得率下降;分选速度降低，目的细胞信号被检时间增加，得率增加。
延伸阅读：
细胞 (生物学中构成生物体的基本单位)
细胞 (英文名：cell)并没有统一的定义，比较普遍的提法是：细胞是生物体基本的结构和功能单位。已知除病毒之外的所有生物均由细胞所组成，但病毒生命活动也必须在细胞中才能体现。
一般来说，细菌等绝大部分微生物以及原生动物由一个细胞组成，即单细胞生物，高等植物与高等动物则是多细胞生物。细胞可分为原核细胞、真核细胞两类，但也有人提出应分为三类，即把原属于原核细胞的古核细胞独立出来作为与之并列的一类。研究细胞的学科称为细胞生物学。
细胞体形极微，在显微镜下始能窥见，形状多种多样。主要由细胞核与细胞质构成，表面有细胞膜。高等植物细胞膜外有细胞壁，细胞质中常有质体，体内有叶绿体和液泡，还有线粒体。动物细胞无细胞壁，细胞质中常有中心体，而高等植物细胞中则无。细胞有运动、营养和繁殖等机能。
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