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①原核细胞型微生物：仅有原始核，无核膜、无核仁，染色体仅为单个裸露的DNA分子，不进行有丝分裂，缺乏完整的细胞器。属于这类微生物的有细菌、放线菌、螺旋体、支原体、衣原体、立克次体。
②真核细胞型微生物：细胞核分化程度较高，有典型的核结构(有核膜、核仁、多个染色体，由DNA和组蛋白组成)，通过有丝分裂进行繁殖。胞浆内有多种完整的细胞器。属于这类微生物的有真菌和原虫。
③非细胞型微生物：结构较简单，体积较微小，能通过细菌滤器，无细胞结构，由单一核酸(DNA或RNA)和蛋白质外壳组成，无产生能量的酶系统。必须寄生在活的易感细胞内生长繁殖。这类微生物有病毒、亚病毒和朊粒。
延伸阅读：微生物包括：细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、显微藻类等在内的一大类生物群体，它个体微小，与人类关系密切。涵盖了有益跟有害的众多种类，广泛涉及食品、医药、工农业、环保、体育等诸多领域。在我国教科书中，将微生物划分为以下8大类：细菌、病毒、真菌、放线菌、立克次氏体、支原体、衣原体、螺旋体。有些微生物是肉眼可以看见的，像属于真菌的蘑菇、灵芝、香菇等。还有微生物是一类由核酸和蛋白质等少数几种成分组成的“非细胞生物”
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