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隐孢子虫的致病性：
隐孢子虫主要寄生于小肠上皮细胞的刷状缘，由宿主细胞形成的纳虫空泡内。空肠近端是胃肠道感染该虫虫数最多的部位，严重者可扩散到整个消化道。肺、扁桃体、胰腺和胆囊等器官亦发现有虫体。
由于本虫寄生于肠粘膜，使之表面可出现凹陷，或呈火山口状，肠绒毛萎缩，变短变粗，或融合、移位和脱落，上皮细胞出现老化和脱落速度加快现象，但感染轻者肠粘膜的变化不明显。由于虫体的寄生，破坏了肠绒毛的正常功能，影响消化吸收而发生腹泻。医'学教育网搜集整理但其致病机制很可能是多因素的，如肠粘膜表面积的缩小，多种粘膜酶的减少可能也起重要作用。
本病的临床症状和严重程度取决于宿主的免疫功能与营养状况。免疫功能正常人的感染后，主要表现为急性水样腹泻，一般无脓血，日排便2～20余次，严重感染的幼儿可出现喷射性水样泻，排便量多。腹痛、腹胀、恶心、呕吐、食欲减退或厌食、口渴和发热亦较常见。病程长短不一，短者1～2天，长者数年，20天至2个月上下占多数，由急性转为慢性而反复发作者并不少见。
免疫功能受损者感染本虫后，通常症状明显而病情重，持续性霍乱样水泻最为常见，一日数次至数十次。也有同时并发肠外器官寄生，如呼吸道等，其病情更为严重复杂。有人统计57例艾滋病病人感染者，42例死于本病，为艾滋病患者主要致死病因之一。故国外艾滋病病人检查隐孢子虫已被列为常规项目。
免疫缺陷者感染后症状严重，表明细胞免疫和体液免疫对消除本虫的感染是必不可少的。不论免疫功能是否正常感染本虫后血中均可检出特异抗体，但因该虫寄生于肠粘膜表面，体液中的抗体可能不起保护作用，但能降低再感染的严重性。
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