来自中国科学院上海药物研究所药物研究国家重点实验室，蛋白质组学国家重点实验室，国家蛋白质科学中心(北京)，国家癌症中心/国家临床研究中心的中国科学家团队中国医学科学院，北京协和医学院癌症/癌症医院和上海交通大学的研究人员最近报告了一项针对103名中国肺腺癌(LUAD)患者的综合蛋白质组学分析，该患者是所有类型的主要死因全球癌症。
该研究揭示了与LUAD相关的分子特征，它们与临床结果的关联，潜在的预后生物标志物和药物靶标。该研究于7月9日在线发布在Cell上。
尽管近年来通过LUAD的基因组研究在精准医学领域取得了显着进展，但仍有很大一部分LUAD患者仍缺乏针对性的治疗策略。由于蛋白质是生物活动的直接执行者，因此对LUAD的蛋白质组学研究可以填补基因组异常与致癌蛋白质功能之间的知识鸿沟。
为了全面了解LUAD的分子结构，并为更准确地诊断和治疗LUAD提供机会，本研究的科学家对103位LUAD患者的肿瘤组织及其配对的非癌性相邻组织进行了蛋白质组和磷酸化蛋白质组分析。总共鉴定出11119个蛋白质和22564个磷酸化位点。将这些蛋白质组学数据与临床信息和基因组学数据相结合，可获得LUAD的全面分子图谱。
科学家发现，上皮-间质转化以及炎症和致癌信号通路可能导致I期LUAD的不良预后。他们进一步确定了中国LUAD患者的两个主要驱动基因EGFR或TP53突变的患者的遗传变异与蛋白质组学特征之间的联系。
EGFR突变患者中观察到两种组织学标志物TTF-1和Napsin-A以及剪接体中蛋白质的表达水平升高。TP53突变的患者中，包括DNA复制和错配修复在内的几种致癌途径发生了显着变化。
值得注意的是，研究人员将所有患者分为三种蛋白质组学亚型(SI，S-II，S-III)，每种亚型均具有独特的分子特征和临床特征。全面的生物信息学分析表明，SI患者与细胞环境和良好的预后相关。相比之下，S-III患者与细胞增殖和蛋白质组稳定性以及预后不良有关。磷酸蛋白质组学分析进一步揭示了不同蛋白质组学亚型中激活的信号通路和激酶。蛋白质组学数据和临床数据的综合分析进一步揭示了27种潜在的血浆生物标志物和LUAD的几种药物靶标。HSP90β是潜在的生物标志物之一，已在独立队列中进一步验证。
这项研究提供了对LUAD的新见解，超越了当前的基因组理解。蛋白质组学数据集可作为宝贵而强大的资源，用于加速将基础研究转化为临床实践中更精确的诊断和治疗方法。
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